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HABITATS DE ÁGUA DOCE
Os habitats de água doce em toda a Europa variam consideravelmente de acordo com o clima e a geologia. As massas de água permanentes, que existem durante todo o ano, estão concentradas principalmente nas partes norte e atlântica da Europa, enquanto que as temporárias, que só estão presentes em certas partes do ano, são mais típicas da zona climática mediterrânica. No total, 20 tipos diferentes de habitats de água doce estão protegidos na UE.
Rios
Os rios acolhem uma grande diversidade de tipos de habitat, 10 dos quais são protegidos na UE. Os habitats fluviais protegidos vão desde rios de água fria boreais (no norte) e rios alpinos de alta montanha, até rios com extensos leitos de cascalho e cursos de água com vegetação submersa ou flutuante.
As florestas ribeirinhas são florestas que crescem ao longo dos rios. Na Europa, tais florestas podem incluir diferentes espécies de árvores e arbustos, tais como salgueiro, amieiro, olmo, freixo e tamargueira, dependendo da área, bem como galerias de oleandro e matagais. Estas florestas fornecem alimentos valiosos, abrigo e corredores de migração tanto para as espécies aquáticas como terrestres.
LAGOS, LAGOAS E CHARCOS
Os lagos, lagoas e charcos são habitats de água parada que são o habitat de muitas espécies terrestres e aquáticas diferentes e são utilizados pelas mesmas. 10 tipos de lagos e lagoas são protegidos pela Diretiva Habitats da UE. Estes variam desde grandes lagos profundos a lagoas pouco profundas e charcos temporários.
Os lagos, lagoas e charcos abrigam, geralmente, uma biodiversidade local e única e são o habitat de muitas espécies diferentes de plantas e animais que são adaptadas às águas paradas, incluindo algas, lentilha-de-água, caráceas, libélulas, donzelinhas, peixe-gato (por exemplo, Silurus aristotelis) e o cágado-de-carapaça-estriada europeu (Emys orbiculatis). Fornecem, também, habitats de reprodução para anfíbios como o sapo de barriga de fogo (Bombina variegata) e o tritão de crista (Triturus cristatus). Os lagos e as lagoas são também habitats cruciais para as aves, especialmente como locais de paragem e repouso durante a migração.
MAMÍFEROS AQUÁTICOS
Os rios e lagos da Europa são também o habitat de uma variedade de espécies de mamíferos, tais como a emblemática lontra europeia (Lutra lutra), o castor europeu (Castor fiber) e o visão europeu (Mustela lutreola).
A população ocidental do visão europeu diminuiu seriamente desde meados do século XIX. A espécie foi mesmo extinta em algumas partes da Europa Central devido a mudanças dos seus habitats fluviais ou à sua perda, e também à competição com o visão americano.
Outro mamífero aquático raro, a toupeira-de-água-dos-Pirenéus (Galemys pyrenaicus), encontra-se apenas no Sul da Europa (França, Espanha e Portugal). Embora a toupeira-de-água-dos-Pirenéus prefira riachos de montanha de fluxo rápido, também é ocasionalmente encontrada em massas de água de movimento lento, tais como canais, lagos e pântanos. Infelizmente, a toupeira-de-água-dos-Pirenéus tem diminuído ou mesmo desaparecido de algumas áreas.
PEIXES DE ÁGUA DOCE EUROPEUS
Os rios europeus abrigam mais de 70 espécies de peixes que são protegidas pela Diretiva Habitats da UE. Algumas delas são endémicas (apenas encontradas em certos rios europeus), tais como o avental do Ródano (Zingel asper) e o darter romeno, ou asprete (Romanichthys valsanicola) que só é encontrado na Bacia do rio Arges, na Roménia.
Alguns peixes percorrem grandes distâncias. O salmão, por exemplo, é bem conhecido pelas suas longas migrações para montante, do mar para rios de água doce, onde se reproduz. O salmão-do-Danúbio (Hucho hucho) e o salmão-do-Atlântico (Salmo salar), ambos ameaçados de extinção, são protegidos pela Diretiva Habitats.